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Ricardo Wurmus 45225c60cc gnu: r-deseq2: Update to 1.32.0. ... * gnu/packages/bioconductor.scm (r-deseq2): Update to 1.32.0.		2021-06-05 09:12:42 +02:00
..
aux-files	…
patches	gnu: amule: Update to 2.3.3.	2021-06-03 18:23:39 +02:00
abduco.scm	…
abiword.scm	…
accessibility.scm	…
acct.scm	…
acl.scm	…
ada.scm	…
admin.scm	gnu: isc-dhcp: Update home page.	2021-05-29 16:09:48 +02:00
adns.scm	…
agda.scm	…
aidc.scm	…
algebra.scm	…
android.scm	…
animation.scm	gnu: lightspark: Update to 0.8.4.1.	2021-05-27 18:20:35 +02:00
anthy.scm	…
antivirus.scm	…
apl.scm	…
apr.scm	…
arcan.scm	…
aspell.scm	gnu: ispell: Update to 3.4.03.	2021-06-02 15:40:03 +02:00
assembly.scm	…
astronomy.scm	gnu: gnuastro: Update to 0.15.	2021-05-31 09:44:47 +03:00
attr.scm	…
audio.scm	gnu: libopenmpt: Update to 0.5.9.	2021-05-27 18:20:35 +02:00
augeas.scm	…
authentication.scm	…
autogen.scm	…
autotools.scm	…
avahi.scm	…
avr.scm	…
axoloti.scm	gnu: axoloti-runtime: Patch firmware Makefile.	2021-05-30 14:51:04 +02:00
backup.scm	…
base.scm	…
bash.scm	…
batik.scm	…
bdw-gc.scm	…
benchmark.scm	gnu: intel-mpi-benchmarks: Remove top-level reference to 'openmpi'.	2021-05-28 11:36:02 +02:00
bioconductor.scm	gnu: r-deseq2: Update to 1.32.0.	2021-06-05 09:12:42 +02:00
bioinformatics.scm	gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.13.	2021-06-05 09:12:39 +02:00
bison.scm	…
bittorrent.scm	…
boost.scm	…
bootloaders.scm	…
bootstrap.scm	…
browser-extensions.scm	…
build-tools.scm	…
busybox.scm	…
c.scm	…
calcurse.scm	…
calendar.scm	…
ccache.scm	…
cdrom.scm	…
cedille.scm	…
certs.scm	…
check.scm	…
chemistry.scm	…
chez.scm	…
chicken.scm	…
chromium.scm	gnu: ungoogled-chromium: Update to 91.0.4472.77-0.6802c88.	2021-06-01 20:21:54 +02:00
ci.scm	gnu: ci: Use 'inputs' in build phases instead of '%build-inputs'.	2021-06-04 13:34:37 +02:00
cinnamon.scm	…
clojure.scm	…
cluster.scm	gnu: libraft: Update to 0.10.1	2021-05-28 11:36:03 +02:00
cmake.scm	…
cobol.scm	…
code.scm	…
commencement.scm	…
compression.scm	gnu: libjcat: Update to 0.1.8.	2021-05-29 16:09:49 +02:00
compton.scm	…
configuration-management.scm	…
conky.scm	…
connman.scm	…
convmv.scm	…
cook.scm	…
coq.scm	…
cpio.scm	…
cpp.scm	…
cppi.scm	…
cran.scm	gnu: Add r-arrow.	2021-06-05 09:12:39 +02:00
crates-graphics.scm	…
crates-gtk.scm	…
crates-io.scm	gnu: rust-regex-1: Update to 1.5.4.	2021-06-03 14:24:35 +02:00
cross-base.scm	…
crypto.scm	gnu: libolm: Update to 3.2.3.	2021-05-29 16:09:49 +02:00
cryptsetup.scm	gnu: cryptsetup: Rewrite synopsis & description.	2021-05-30 15:13:40 +02:00
cups.scm	…
curl.scm	gnu: curl: Update to 7.77.0 [fixes CVE-2021-{22897,22898,22901}].	2021-06-02 23:13:16 -04:00
cvassistant.scm	…
cybersecurity.scm	…
cyrus-sasl.scm	…
databases.scm	gnu: redis: Update to 6.2.4 [security fixes].	2021-06-02 00:54:39 -04:00
datamash.scm	…
datastructures.scm	…
dav.scm	…
dbm.scm	…
dc.scm	…
debian.scm	…
debug.scm	…
dejagnu.scm	…
dhall.scm	…
dico.scm	…
dictionaries.scm	gnu: ding: Use 'inputs' in build phases instead of '%build-inputs'.	2021-06-04 13:34:54 +02:00
diffoscope.scm	…
digest.scm	…
direct-connect.scm	…
disk.scm	…
display-managers.scm	…
distributed.scm	…
django.scm	gnu: python-django@2.2: Update to 2.2.24 [fixes CVE-2021-33203, CVE-2021-33571].	2021-06-02 17:05:55 +02:00
djvu.scm	…
dlang.scm	…
dns.scm	gnu: unbound: Enable DoH support.	2021-06-01 20:21:54 +02:00
docbook.scm	…
docker.scm	…
documentation.scm	…
drones.scm	…
dunst.scm	…
dvtm.scm	…
easyrpg.scm	…
ebook.scm	…
ed.scm	…
education.scm	…
efi.scm	…
electronics.scm	…
elf.scm	…
elixir.scm	…
elm.scm	…
emacs-xyz.scm	gnu: emacs-calibredb: Update to 2.10.0.	2021-06-03 21:13:23 +02:00
emacs.scm	gnu: emacs: Support console mice.	2021-05-29 16:09:48 +02:00
embedded.scm	…
emulators.scm	gnu: retroarch: Update to 1.9.4.	2021-06-02 12:53:09 +02:00
enchant.scm	…
engineering.scm	…
enlightenment.scm	…
entr.scm	gnu: entr: Update to 4.9.	2021-05-27 14:41:04 -04:00
erlang.scm	…
esolangs.scm	…
fabric-management.scm	…
fcitx.scm	…
fcitx5.scm	…
figlet.scm	…
file-systems.scm	gnu: Add udftools.	2021-06-02 15:40:03 +02:00
file.scm	…
finance.scm	…
firmware.scm	…
flashing-tools.scm	…
flex.scm	…
fltk.scm	gnu: fltk: Update to 1.3.6.	2021-06-03 18:23:39 +02:00
fonts.scm	gnu: Remove font-ubuntu.	2021-06-03 08:29:04 +02:00
fontutils.scm	…
forth.scm	…
fpga.scm	…
freedesktop.scm	…
freeipmi.scm	…
fribidi.scm	…
ftp.scm	…
fvwm.scm	…
game-development.scm	…
games.scm	gnu: pioneer: Build with model files.	2021-06-02 21:38:32 +02:00
gawk.scm	…
gcal.scm	…
gcc.scm	gnu: gcc-9: Update to 9.4.0.	2021-06-01 20:54:06 +03:00
gd.scm	…
gdb.scm	…
genealogy.scm	…
genimage.scm	…
geo.scm	…
gettext.scm	…
ghostscript.scm	…
gimp.scm	…
gkrellm.scm	…
gl.scm	…
glib.scm	…
gnome-xyz.scm	…
gnome.scm	gnu: komikku: Update to 0.29.0.	2021-06-03 21:46:48 +02:00
gnu-doc.scm	…
gnu-pw-mgr.scm	…
gnucash.scm	gnu: aqbanking: Update to 6.3.0.	2021-05-26 15:08:00 -04:00
gnunet.scm	…
gnupg.scm	…
gnustep.scm	…
gnuzilla.scm	gnu: icecat: Update to 78.11.0-guix0-preview1 [fixes CVE-2021-29967].	2021-06-02 04:28:52 -04:00
gobby.scm	…
golang.scm	…
gperf.scm	…
gpodder.scm	…
gps.scm	…
graph.scm	…
graphics.scm	…
graphviz.scm	…
groff.scm	…
groovy.scm	…
gsasl.scm	…
gstreamer.scm	…
gtk.scm	…
guile-wm.scm	…
guile-xyz.scm	gnu: Add guile-drmaa.	2021-05-29 23:14:25 +02:00
guile.scm	…
gv.scm	…
gxmessage.scm	…
hardware.scm	gnu: memtester: Update to 4.5.1.	2021-06-02 12:53:10 +02:00
haskell-apps.scm	…
haskell-check.scm	…
haskell-crypto.scm	…
haskell-web.scm	…
haskell-xyz.scm	…
haskell.scm	…
heads.scm	…
hexedit.scm	…
hugs.scm	…
hunspell.scm	…
hurd.scm	…
hyperledger.scm	…
i2p.scm	…
ibus.scm	…
icu4c.scm	gnu: icu4c: Add 69.1.	2021-06-01 20:21:54 +02:00
idris.scm	…
idutils.scm	…
image-processing.scm	gnu: vtk: Wrap python modules.	2021-06-01 10:19:48 +01:00
image-viewers.scm	…
image.scm	gnu: libavif: Update to 0.9.1.	2021-06-02 12:53:09 +02:00
imagemagick.scm	…
inklingreader.scm	…
inkscape.scm	…
installers.scm	…
ipfs.scm	…
irc.scm	…
iso-codes.scm	…
jami.scm	gnu: jami-gnome: Include phases from the glib-or-gtk-build-system.	2021-05-28 09:48:15 -04:00
java-compression.scm	…
java-graphics.scm	…
java-maths.scm	…
java.scm	…
javascript.scm	…
jemalloc.scm	…
jose.scm	…
jrnl.scm	…
julia-jll.scm	gnu: Add julia-qt5base-jll.	2021-05-30 12:55:57 +03:00
julia-xyz.scm	gnu: Add julia-prettytables.	2021-05-31 12:54:49 +03:00
julia.scm	…
jupyter.scm	…
kawa.scm	…
kde-frameworks.scm	…
kde-internet.scm	…
kde-multimedia.scm	…
kde-pim.scm	…
kde-plasma.scm	…
kde-systemtools.scm	…
kde-utils.scm	…
kde.scm	…
kerberos.scm	…
key-mon.scm	…
kodi.scm	…
language.scm	…
ld-wrapper.in	…
lean.scm	…
lego.scm	…
less.scm	…
lesstif.scm	…
libbsd.scm	…
libcanberra.scm	…
libdaemon.scm	…
libedit.scm	…
libevent.scm	…
libffcall.scm	…
libffi.scm	…
libftdi.scm	…
libidn.scm	…
libphidget.scm	…
libreoffice.scm	…
libsigsegv.scm	…
libunistring.scm	…
libunwind.scm	…
libusb.scm	…
license.scm	…
lighting.scm	…
linphone.scm	…
linux.scm	gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.271.	2021-06-03 22:41:01 -04:00
lirc.scm	…
lisp-xyz.scm	gnu: sbcl-nibbles: Update to 0.14-2.dad2524.	2021-06-04 10:59:50 +02:00
lisp.scm	gnu: sbcl: Update to 2.1.5.	2021-06-01 12:01:24 +02:00
llvm.scm	gnu: llvm-7: Update to 7.1.0.	2021-06-01 22:50:47 +03:00
logging.scm	…
logo.scm	…
loko.scm	…
lout.scm	…
lsof.scm	…
lua.scm	…
lxde.scm	…
lxqt.scm	gnu: Update lxqt home-page for all lxqt packages.	2021-05-29 20:16:51 +02:00
m4.scm	…
machine-learning.scm	…
magic-wormhole.scm	…
mail.scm	…
make-bootstrap.scm	…
man.scm	…
markup.scm	…
marst.scm	…
mastodon.scm	…
mate.scm	…
maths.scm	gnu: Add frama-c.	2021-06-02 03:10:12 +02:00
matrix.scm	…
maven-parent-pom.scm	…
maven.scm	…
mc.scm	gnu: mc: Order inputs alphabetically.	2021-05-29 16:09:48 +02:00
mcrypt.scm	…
medical.scm	…
mercury.scm	…
mes.scm	gnu: nyacc: Update to 1.04.0.	2021-05-29 07:23:04 +02:00
messaging.scm	gnu: gajim-omemo: Update to 2.7.14.	2021-06-03 23:35:12 -04:00
microcom.scm	…
mingw.scm	…
moe.scm	…
monitoring.scm	gnu: hostscope: Add 'release-monitoring-url' property.	2021-05-28 23:04:44 +02:00
mono.scm	…
moreutils.scm	…
motti.scm	…
mp3.scm	…
mpd.scm	gnu: mpd: Update to 0.22.8.	2021-05-27 18:20:34 +02:00
mpi.scm	…
mtools.scm	gnu: mtools: Update to 4.0.29.	2021-06-03 18:23:38 +02:00
multiprecision.scm	…
music.scm	gnu: musescore: Add missing QML imports.	2021-06-01 18:52:48 +02:00
musl.scm	…
nano.scm	…
ncdu.scm	…
ncurses.scm	…
netpbm.scm	…
nettle.scm	…
networking.scm	gnu: amule: Use HTTPS home page.	2021-06-03 18:23:39 +02:00
nfs.scm	…
nickle.scm	…
nicotine.scm	…
nim.scm	…
ninja.scm	…
node-xyz.scm	…
node.scm	…
noweb.scm	…
nss.scm	…
ntp.scm	…
nutrition.scm	…
nvi.scm	…
ocaml.scm	…
ocr.scm	…
onc-rpc.scm	…
openbox.scm	…
opencl.scm	…
opencog.scm	…
openkinect.scm	…
openldap.scm	…
openpgp.scm	…
openstack.scm	…
orange.scm	…
orpheus.scm	…
ots.scm	…
package-management.scm	maint: Require Guile 3.0.	2021-06-01 23:26:07 +02:00
pantheon.scm	…
parallel.scm	gnu: xjobs: Add 'release-monitoring-url' property.	2021-05-28 23:04:44 +02:00
pascal.scm	…
password-utils.scm	…
patchutils.scm	…
pciutils.scm	…
pcre.scm	…
pdf.scm	…
pem.scm	…
pep.scm	gnu: java-pep-adapter 2.1.23.	2021-05-31 10:45:54 +02:00
perl-check.scm	…
perl-compression.scm	…
perl-maths.scm	…
perl-web.scm	…
perl.scm	gnu: Add perl-bsd-resource.	2021-05-27 11:24:44 +02:00
perl6.scm	…
phabricator.scm	…
photo.scm	…
php.scm	gnu: php: Update to 7.4.20.	2021-06-03 18:23:39 +02:00
piet.scm	…
pkg-config.scm	…
plotutils.scm	…
poedit.scm	…
polkit.scm	…
popt.scm	…
presentation.scm	…
pretty-print.scm	…
printers.scm	…
profiling.scm	…
prolog.scm	…
protobuf.scm	…
pth.scm	…
pulseaudio.scm	…
pumpio.scm	…
pure.scm	…
purescript.scm	…
pv.scm	…
python-build.scm	…
python-check.scm	…
python-compression.scm	…
python-crypto.scm	…
python-science.scm	gnu: python-vedo: Make pkg-config a native input.	2021-06-02 10:27:59 +01:00
python-web.scm	gnu: Add python-google.	2021-05-31 09:21:45 +02:00
python-xyz.scm	gnu: python-anndata: Update to 0.7.6.	2021-06-04 23:51:24 +02:00
python.scm	gnu: net-snmp: Omit static library.	2021-05-30 11:53:00 +02:00
qt.scm	…
racket.scm	gnu: Break up import loop between (gnu packages racket) and (gnu packages chez).	2021-05-29 22:12:48 +02:00
radio.scm	gnu: wfview: Update to 1.0.	2021-06-04 13:50:52 +02:00
ragel.scm	…
rails.scm	…
raspberry-pi.scm	…
ratpoison.scm	…
rcm.scm	…
rdesktop.scm	…
rdf.scm	…
re2c.scm	…
readline.scm	gnu: rlwrap: Fix single-quotation in Texinfo.	2021-05-30 11:52:59 +02:00
rednotebook.scm	…
regex.scm	…
robotics.scm	…
rpc.scm	…
rrdtool.scm	…
rsync.scm	…
ruby.scm	…
rush.scm	…
rust-apps.scm	gnu: rust-cbindgen@0.17: Update to 0.19.0.	2021-06-01 17:59:34 +02:00
rust.scm	…
sagemath.scm	…
samba.scm	…
sawfish.scm	…
scanner.scm	…
scheme.scm	…
screen.scm	…
scribus.scm	…
scsi.scm	…
sdl.scm	…
search.scm	…
security-token.scm	…
selinux.scm	…
sequoia.scm	gnu: pep-engine: Update to 2.1.34.	2021-05-31 10:45:53 +02:00
serialization.scm	…
serveez.scm	…
shells.scm	gnu: oil: Update to 0.8.11.	2021-05-29 17:29:36 +02:00
shellutils.scm	…
simh.scm	…
simulation.scm	…
skarnet.scm	…
skribilo.scm	…
slang.scm	…
smalltalk.scm	gnu: smalltalk: Find glibc even when cross-compiling.	2021-06-04 13:40:02 +02:00
sml.scm	…
speech.scm	…
sphinx.scm	gnu: python-sphinx-gallery: Update to 0.9.0.	2021-06-02 10:22:01 +03:00
spice.scm	…
sqlite.scm	…
squirrel.scm	…
ssh.scm	…
sssd.scm	…
stalonetray.scm	…
statistics.scm	gnu: r-with-tests: Use patched texlive-amsfonts.	2021-06-03 11:18:03 +02:00
stb.scm	…
stenography.scm	…
storage.scm	…
suckless.scm	…
swig.scm	…
sync.scm	…
syncthing.scm	…
syndication.scm	…
synergy.scm	…
task-management.scm	…
task-runners.scm	…
tbb.scm	…
tcl.scm	…
telegram.scm	…
telephony.scm	gnu: osip: Update to 5.2.1.	2021-06-02 12:53:10 +02:00
terminals.scm	…
terraform.scm	…
tex.scm	…
texinfo.scm	…
text-editors.scm	gnu: qemacs: Use 'native-inputs' instead of '%build-inputs'.	2021-06-04 13:34:49 +02:00
textutils.scm	…
time.scm	…
tls.scm	gnu: gnutls: Replace with 3.6.16 [fixes CVE-2021-20305].	2021-05-28 14:55:59 -04:00
tmux.scm	…
tor.scm	…
toys.scm	…
tryton.scm	gnu: tryton: Allow disabling the test suite.	2021-05-28 11:36:03 +02:00
tv.scm	…
uml.scm	…
unicode.scm	…
unrtf.scm	…
upnp.scm	…
usb-modeswitch.scm	…
uucp.scm	…
valgrind.scm	…
version-control.scm	gnu: python-hg-evolve: Update to 10.3.1.	2021-06-02 10:36:12 +03:00
video.scm	gnu: openshot: Use free font.	2021-06-03 08:49:18 +02:00
vim.scm	gnu: neovim: Use 'inputs' in phases instead of '%build-inputs'.	2021-06-04 13:34:46 +02:00
virtualization.scm	…
visidata.scm	…
vlang.scm	…
vnc.scm	gnu: remmina: Update to 1.4.18.	2021-06-03 23:46:04 -04:00
vpn.scm	…
vulkan.scm	…
w3m.scm	…
wdiff.scm	…
web-browsers.scm	gnu: lagrange: Update to 1.5.0.	2021-05-31 21:06:36 +02:00
web.scm	gnu: monolith: Update to 2.5.0.	2021-06-03 14:24:35 +02:00
webkit.scm	…
wget.scm	…
wicd.scm	…
wine.scm	…
wireservice.scm	…
wm.scm	…
wordnet.scm	…
wv.scm	…
wxwidgets.scm	…
xdisorg.scm	gnu: net-snmp: Omit static library.	2021-05-30 11:53:00 +02:00
xfce.scm	…
xfig.scm	…
xiph.scm	gnu: Use define-public in (gnu packages xiph).	2021-06-04 15:08:35 +02:00
xml.scm	gnu: expat: Replace with 2.4.1 [fixes CVE-2013-0340].	2021-06-02 17:07:15 -04:00
xnee.scm	…
xorg.scm	…
zile.scm	…
zwave.scm	…